Bereits 1988 wurde das Tubbataha Reef zum National Marine Park erklärt. Fünf Jahre später wurde die ungeheure Artenvielfalt von der UNESCO unter Weltnaturerbe-Schutz gestellt. Über 300 Korallenarten und 380 Fischarten wurden im Schutzgebiet bereits gezählt.
Das Riff befindet sich im Herzen der Sulu See, zwischen Palawan im Westen und Mindanao im Osten. Das gesamte Schutzgebiet ist fast 1000 Quadratkilometer groß und besteht aus zwei Atollen und dem Jessie Beazley Reef. Die Überfahrt vom 180 Kilometer entfernten Puerto Princesa dauert je nach Schiffstyp und Wetterlage um die zehn Stunden.
Tubbataha-Nord ist mit etwa 80 Quadratkilometern das größte Riffsystem des Schutzgebietes. Die ringförmige Struktur hat eine gut 30 Meter tiefe Lagune in ihrem Zentrum. Der innere Bereich ist Heimat vieler Schildkröten und kleinerer Schwarz- und Weißspitzen-Riffhaie.
An der Außenseite des Atolls sind die Strömungen deutlich stärker, insbesondere im Nordosten kann es häufig zu spontanem Richtungswechsel der Strömungen und so genannten Waschmaschinen-Tauchgängen kommen. Dieses Gebiet ist nur für strömungserfahrene Taucher geeignet. Auf der Insel ist eine ganzjährig besetzte Ranger Station eingerichtet.
Das Tubbataha-Süd Atoll ist mit etwas über 40 Quadratkilometern nur halb so groß, aber nicht weniger interessant. Die Unterwasserlandschaft ist geprägt von flach abfallenden Abhängen und hübsch bewachsenen Steilwänden. Schildkröten, Makrelenschwärme, Hart- und Weichkorallen in einer riesigen Artenvielfalt und Großfische lassen keine Wünsche offen.
Die Süd-Insel mit dem Leuchtturm ist Brut- und Nistplatz tausender Seevögel.
Gute 20 Kilometer nördlich befindet sich das kleine Jessie Beazley Reef mit etwa 400 Metern Durchmesser. Die Taucher erwartet hier interessante Steilwände, kleine und große Fischschwärme sowie teilweise starke Strömungen. Dieses Tauchgebiet ist ebenfalls nur für erfahrene Taucher geeignet.
15 - 45 m